La Aldea Oculta de las Rocas, se encuentra en el País de la Tierra. Su líder es el Tsuchikage. Resulta lógico pensar que sus ninjas se especializan en técnicas del elemento tierra. Como se muestra en el Kakashi Gaiden, en el pasado estuvo en guerra con la Aldea Oculta de Konoha. Deidara, de Akatsuki, proviene de allí.
Esta aldea es sin duda la más importante en la historia, en tanto que el protagonista y la mayor parte de los personajes secundarios pertenecen a ella. Está habitada sólo en parte por ninjas, puesto que el resto de personas son civiles sin entrenamiento que se dedican a todos los oficios imaginables. La mayor parte de los niños reciben sin embargo un aprendizaje primario ninja en la Academia de la aldea. Su líder ostenta el título de Hokage, puesto ocupado por el mejor ninja. La aldea está enteramente amurallada, y en su centro se encuentra una gran montaña en cuya ladera principal están talladas las caras de todos los hokages. Incluso la de Tsunade, quinta Hokage, electa durante el transcurso de la serie, es puesta ahí en el tiempo que separa las dos partes de la historia.
La Aldea Oculta de las Nubes se encuentra en el País del Rayo. Su líder es el Raikage. En el pasado estuvo en guerra con la Aldea Oculta de Konoha, pero durante los tratados de paz, uno de sus ninjas intentó capturar a Hinata Hyūga, y esto provocó un incidente en el cual se pidio la vida de Hiashi Hyūga pero en lugar de esto fue entregada la vida de Hizashi Hyūga, el padre de Neji Hyūga. No se sabe mucho más, aunque se puede suponer que sus ninjas se especializan en técnicas de Raiton (electricidad). Yugito Nii, la jinchūriki con el Bijū de dos colas procedía de allí, y mencionó que era la segunda persona más fuerte de la aldea. El jinchūriki del hachibi Killerbee también es un ninja de la aldea de las Nubes además del hermano del Raikage.
La Aldea Oculta de la Niebla, se encuentra en el País del Agua, y su líder es el Mizukage. Sus ninjas son especialistas en técnicas de agua, aunque parece que todos ellos llevan espadas, como se muestra en algunas ocasiones. En el pasado, el examen para alcanzar el rango de genin era ciertamente inhumano: se obligaba a estudiantes que habían sido amigos a luchar a muerte. Esto se acabó el año en que Zabuza Momochi, un chico que ni siquiera había estado en la academia, se volvió loco y mató a todos los de su año él sólo.
En esta aldea había un grupo llamado Los Siete Espadachines de la Niebla, entre los cuales estaban Zabuza Momochi y Kisame Hoshigaki, así como Raiga Kurosuki, que aparece en una de las sagas de relleno del anime. Cada uno de ellos lleva una espada muy grande o única. Los tres miembros conocidos renegaron de la aldea, y la identidad de los otros aún está por desvelar.
En esta aldea vivieron los miembros del clan Kaguya, que poseía una técnica de línea sucesoria que les permitía controlar sus propios huesos. Fue aniquilado cuando atacaron a su propia aldea. Eran amantes de la guerra y el combate que buscanban el fragor de la batalla aunque fuera entre sus compatriotas. Su único superviviente fue Kimimaro, que se uniría a Orochimaru y perecería igualmente años después al servicio de éste.
La Aldea Oculta de la Arena , se encuentra en el País del Viento, y su líder es el Kazekage. Gaara, Kankuro
y Temari provienen de este lugar, y se dice que el Shukaku se originó allí, siendo el espíritu corrupto de un monje encerrado en una tetera. El Akatsuki Sasori procedía de esta aldea también. En estos momentos es un aliado de Konoha.
