Naruto transcurre en un universo ficticio en el cual hay gran cantidad de Países y Aldeas Ninja.
Los países están dirigidos por Señores Feudales (Daimyō, al estilo del Japón medieval). Lo único que establece las relaciones entre ellos son los potenciales bélicos y los tratados de paz y alianzas, que no siempre son tenidos en cuenta. A pesar de esta organización política, se han mostrado a menudo objetos cotidianos actuales, como cines, cámaras de seguridad, y sistemas médicos modernos. Además, han aparecido ordenadores y videojuegos.
Las Aldeas Ninja o Aldeas Ocultas son aldeas que sirven como fuerza militar del país en que se encuentran. Mantienen la economía del país donde se encuentran gracias a sus ingresos, dinero que cobra por realizar las misiones que se les encargan. Las aldeas entrenan ninjas desde muy jóvenes para poder usarlos en las misiones, y hacer que sus países sean competitivos en el contexto de las demás naciones. Las cinco principales aldeas están dirigidas por Kages (literalmente, sombra), los ninjas más fuertes de todos.
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